清華海峽研究院于2015年4月17日成立，是由廈門市人民政府、兩岸清華大學共同成立的按企業方式運作的事業單位；同時也是北京清華大學繼深圳、北京、河北、浙江之后與地方共建的第五個地方研究院。清華海峽研究院依托兩岸清華大學技術、人才，充分發揮三方優勢，服務于加快海峽西岸經濟區和“一帶一路”核心區建設，打造創新創業生態圈，積極支持福建省及廈門市快速發展，促進海峽兩岸融合，推動福建自貿區的發展，努力將自身建成國際一流的科技創新、高技術產業化和人才培養基地。